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以银河中心为目标的移民船队“Macross·Frontier”，近邻的“Macross·Galaxy（银河）”船队出生的偶像歌手，シェリル･ノーム为了举办演唱会来到该舰。シェリル是银河系的流行歌曲排行榜排行上位的骄傲高贵的头号偶像。对那样的シェリル憧憬的少女有那样一位，那个少女的名字叫ランカ･リー。ランカ･リー是一名在中华餐馆打工，非常普通的女子高中生。她的亲人，只有年纪差别很大的哥哥オズマ一人。オズマ是在特殊军事部队“SMS”所属可变战机部队的精锐飞行员。但是为了妹妹着想的オズマ，隐瞒了自己驾驶这么危险的战斗机上的事情。某一天，ランカ最想去的シェリル的演唱会就要进行。同时，遇到了急忙赶往会场途中的受训飞行员候补的高中生，早乙女アルトと。这时，突然Macross·Frontier与未知的敌人遭遇。而且敌人既不是地球人也不是异星人，而是未知的宇宙生物。新·统合军正在不断被击破。敌人有着威胁新·统合军VF部队的强力攻击能力。宇宙生物侵入了市民们的居住区。为了应对事态发展，オズマ带领SMS的VF-25部队出动了。宇宙生物的目的到底是什么呢？人类能否度过这个危机……!?
