《奇迹少女KOBATO.》“心灵受伤，请让我来为你治愈。”身分不明的少女小鸠，她似乎有一个想要到达的地方，为了实现这个愿望，小鸠必需不断收集人们受伤的心灵并将其碎片放在“瓶子”里。受了伤的心被小鸠治愈后就会变成金平糖一样的碎片进入“瓶子”里。一次偶然，一保育园（充满萝莉、正太的地方）陷入危机面临解散，人手不足的关键时刻小鸠出手相助。在和园长还有在保育园工作的藤本以及孩子们的接触中，小鸠一点点发生着改变。小鸠的治愈能力能否解救保育园呢？还有小鸠随身携带的可疑布偶究竟是何生物？
