故事讲述了在近未来日本遭遇了愿意不明大灾害，日本国土几乎毁灭殆尽，在灾害发生后的5年日本逐渐走向复兴，而在日本的某所大学中年轻的天马博士和茶水博士正在努力地研究机器人技术。本作由同名漫画改编，《阿童木起源》(Atom the beginning)是一部真正意义上的《阿童木》前传动画。
