生于大海、保护大海、前往大海——这就是蓝色美人鱼！距今大约100年前，因地壳运动，日本的大部分国土被吞没而消失。为了保全国土而相继建造的水上都市，渐渐发展为海上都市。为了联系这些都市随着航路的增加，也需要更多的人员来保护海上安全。随这个潮流，职业女性也向海上发展，保卫大海安全的“蓝色美人鱼”，这个让女孩们憧憬的职业便诞生了。在这个时代背景下，青梅竹马的岬明乃和知名萌香，与有成为“蓝色美人鱼”这个共同目标的伙伴们一起，进入了横须贺的海洋高中学习。
