宽永三年，甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争，并在最终迎来了双方全灭的结局。这场斗争结束十年之后，甲贺少年「甲贺五郎」，与伊贺少女「伊贺响」终于相遇，他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标，被卷入了一场一想不到的战争之中。
