在《Fairy gone》世界中，有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。而在故事中，经历了战争之后的9年，政局依旧极不安定，对战争时受到的伤痛和过去耿耿于怀的犯罪者出现，为了复仇搞起了恐怖活动。过去故乡被战争毁灭的主角“玛莉亚诺耶尔”，为了阻止同样在那时候活下来却选择成为复仇者的“维洛妮卡伊”，因此加入了取缔违法妖精机构“Dorothea”……
