本片描述距今不远的近未来世界，世界到处都可以看到异形，人们却一点也不觉得奇怪，在小学里面只要升到了六年级就有可能成为“异形应变小组”的成员。这届被选为“异形应变小组”的是大谷由莉、川村久美以及远峰霞这三个女生。而“异形应变小组”成员，各自以共生型异形－宝咕为搭档，将入侵学校的各种异形加以击退与捕捉。本来以为就只是这样而已，其实背后其实隐藏了非常巨大的阴谋。
